连锁零售的成本卡关系可以在总部进行设置，但一对多的成本卡关系并不能直接复制到分店。每个分店的成本卡需要根据实际情况进行单独设置和管理。如果需要同步商品信息，可以通过总部的商品管理功能进行操作，具体步骤可以参考相关帮助链接。